La causa por la muerte de Thiago Altamirano dio un giro decisivo con la incorporación de nuevas pruebas forenses y testimoniales. Los resultados de la autopsia, junto con las declaraciones de vecinos, médicos y otras personas cercanas al entorno familiar, fortalecieron la acusación contra la madre del niño y su pareja, quienes permanecen imputados por el caso.
El expediente comenzó tras el ingreso del menor a un hospital con lesiones de extrema gravedad. En ese momento, los dos adultos sostuvieron que el pequeño se había caído de una cama, pero esa explicación empezó a perder fuerza desde las primeras evaluaciones médicas y terminó descartada por las pericias realizadas durante la investigación.
La autopsia estableció que Thiago murió como consecuencia de una asfixia mecánica provocada, una conclusión que, según la fiscalía, resultó incompatible con la versión brindada por los imputados.

El fiscal Daniel Espilocín sostuvo que "no hay ninguna lesión que avale la versión del imputado" y, a partir de esa evidencia, imputó a Franco Nicolás Funes por el delito de homicidio agravado por alevosía.
A ese elemento se sumaron los testimonios de la dueña del inquilinato donde vivía la familia y de varios vecinos, quienes aportaron información sobre la convivencia y las circunstancias en las que se encontraban Thiago y su hermano antes del hecho.
La investigación también intenta determinar cuál fue el nivel de conocimiento que tenía María del Milagro Cuéllar Medina sobre la situación que atravesaban sus hijos. De acuerdo con los testigos, los niños manifestaban temor hacia Funes y esa situación habría sido advertida a la mujer.
Además, distintos testimonios coincidieron en que la madre dejaba habitualmente a los menores al cuidado de su pareja cuando se ausentaba. Para la fiscalía, ese aspecto resulta clave para establecer si existió una omisión con relevancia penal en su deber de protección.
El expediente también incorporó antecedentes de intervenciones judiciales previas. Antes de la muerte de Thiago, el abuelo paterno había denunciado la situación y un juzgado había dispuesto medidas de protección para el niño y su hermano. A su vez, la familia recibía asistencia de la Secretaría de Primera Infancia y Niñez debido a su contexto de vulnerabilidad.
Por último, los médicos que atendieron al pequeño ratificaron que las lesiones con las que ingresó al Hospital Papa Francisco no eran compatibles con una caída accidental. Debido a la gravedad del cuadro fue derivado al Hospital Materno Infantil, donde finalmente se confirmó su fallecimiento.